農家の確定申告　今更聞けないインボイス制度と農協特例とは？

2023年10月から導入されたインボイス制度。ここでは消費税申告対象者になった、農協等の委託販売ではなく、直接取引での売上を増やしたいなど理由でインボイス制度について改めて知りたい人向けに、個人事業主の農家のインボイス制度の影響について説明します。

インボイス制度と影響のある農家

インボイス制度とは

インボイス制度とは、消費税の仕入控除に関わる制度で2023年10月1日から開始しました。事業者が正しく消費税を申告するための制度で、消費税が正しく記載された「インボイス（適格請求書）」がなければ消費税を仕入から控除することができなくなる制度です。

インボイス（適格請求書）を発行するためには、適格請求書発行事業者に登録しないと発行できず、そのためには免税事業者であっても消費税の課税業者になる必要があります。

しかし個人事業主の農家は委託販売が多いため、農協や卸売市場へ委託販売している場合には特例があるため、委託販売しかしていない農家にはあまり影響がないといわれています。

インボイス制度に影響を受ける農家

インボイス制度はすべての人に影響があるわけではありません。個人事業主の農家の場合、消費税のインボイス制度に影響を受ける可能性がある人は主に下記の人たちです。

• 消費税の課税事業者
• 米や野菜を集荷業者へ出荷している場合
• レストラン、スーパー、食品加工業者などへ直接販売している場合
• 直売所・道の駅などへ販売している場合

◎消費税の課税事業者は仕入・売上・申告すべてに影響しますが、農協や卸売市場以外へ委託販売している場合は自分が免税業者であっても、売り先から適格請求書を求められたり、値引き等の交渉をされる可能性があります。理由は下記で説明しています。

農協特例とは

免税事業者が多く、委託販売が多い農業者には特例があります。農業者に関係のある特例は「農協特例」「卸売市場特例」「媒介者特例」の３つがあります。

農協特例

農協特例とは、農協（JA）に無条件委託方式による販売、および共同計算方式による精算で販売している場合に適用される特例です。

農協があなたに代りインボイスを発行してくれるので、売り先である農家はインボイス発行業者になる必要はなく、仕入れ業者は消費税の仕入れ控除が可能になります。

卸売市場特例

卸売市場特例とは、農林水産省が認めた中央卸売市場、都道府県知事の認定を受けた地方卸売市場等の認められた卸売場へ農作物を委託販売した場合に適用される特例です。

卸売市場に出荷した農産物に関しては、卸売市場がインボイスをあなたの代わりに発行してくれるので、売り先である農家はインボイス発行業者になる必要はなく、仕入れ業者は消費税の仕入れ控除が可能になります。

媒介者交付特例

農協以外に道の駅やJAのファーマーズマーケットなどに委託販売している場合には農協特例は使えません。媒介者交付特例は、売り先の農家・道の駅などの両方が適格発行事業者に登録している場合には、道の駅やファーマーズマーケットがインボイスを代わりに発行してくれる特例です。

しかしこの特例は自身がインボイス発行業者にならないといけません。

道の駅やファーマーズマーケットで購入される人は家庭での消費者が多く、地元のレストランなどであれば売上が1億円以下であれば、1万円以下であれば少額特例が認められて、消費税を仕入れ控除することができます。インボイスを求められることが少ないと想定されるので、このためだけに課税業者となる必要はあまりないでしょう。

適格請求書発行事業者になるには

適格請求書発行事業者になるには、国税庁に「適格請求書発行事業者の登録申請書」を、適格請求書を発行する課税期間の初日から起算して15日前の日までに提出します。（例：2月1日から発行したい場合には、1月15日までに提出）

国税庁のHPにフローチャート別の申告書の記載方法があるので、こちらを利用して記載するとよいでしょう。

すでに消費税の課税事業者であってもこの登録申請書を提出しないと、適格請求書発行業者にはなれません。免税事業者の場合は、同時に課税事業者となりますので消費税の申告が必要になります。

消費税の申告については下記で詳しく説明しています。

農家の消費税申告　個人事業主でも申告が必要？

いまさら聞けない消費税のインボイス制度とは

私たちは買い物をすると、食料品には8％、その他のものには10％の消費税を支払いをしています。その消費税は国に納める税金なので、お店は私たちから預かった消費税と仕入れなどで支払った消費税と相殺して支払いをします(消費税申告）。しかし年間の課税売上が1千万円以下であれば申告・納付をする必要がありません（免税事業者と呼ばれます）

今までは支払いをした方は、相手の人が消費税の課税事業者かどうかわからないので、例えば消費税申告対象外の近所の八百屋からトマトを108円で買ってもスーパーで108円で購入しても、消費税が8％含まれていると想定して100円を経費に8円を仮に払った消費税として管理していました。

それがインボイス制度により、消費税を申告している人は、適格請求書発行事業者に登録して決まったフォーマットに沿ったインボイス（適格請求書）を発行して消費税を明確に区分して表示しなさいということになりました。消費税の申告をしない人は、適格請求書発行業者にはなれません。

つまり消費税の申告をしていない会社や個人事業主がもらったお金には消費税は含まれていないので、近所の八百屋から買ったトマト108円には消費税が含まれていない。よって100円が経費、8円は仮に払った消費税ではなく108円を経費として計上しましょうということになりました。

これがどうゆう結果になるかというと、消費税は仮に払ったお金なので後日返ってくるお金（売上でもらったお金と相殺）なのに、インボイスを発行でいない事業者から買った場合は108円支払いしても返ってくるお金がないので、消費税を申告している会社などは、同じ価格ならインボイス発行業者との取引の方が経費が少なくなるのでお得ということになってしまうのです。

よって取引業者が消費税の申告業者であれば、インボイス（適格請求書）の提出を求められたり、割引を求められたりすることもあるので影響を受ける可能性がでてくるとして個人事業主の方には影響が大きいといわれています。

まとめ

売り先が消費税課税業者であっても、必ず適格請求書発行業者にならなければいけないわけではありません。

令和8年（2026年）9月30日までは仕入税額の80％、令和8年（2026年）10月1日～令和11年（2029年）9月30日までは仕入れ税額50％を消費税として控除できる特例もありますし、売り先がインボイス発行業者でなくともお付き合いしてくれるようでしたら、無理やりになる必要もありません。

申告の手間やそれにかかるコストなども考慮して、適格請求書発行業者になるか決めましょう。消費税の課税事業者になったら、デメリットはないので適格請求書発行業者になっておくとよいでしょう。（請求書のフォーマットが変わるのでそれを変える手間が必要になります）